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Magdalena era hija del Maestre de Campo, don Martín Miguel de Goyechea y de doña Ignacia de la Corte y Rosas. Todos criollos nacidos en Jujuy. Martín Miguel de Goyechea descendía por parte de su madre del fundador de Jujuy, Francisco de Argañarás.
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De: http://www.alfaguara.com.ar/capitulos/Guemes.pdf
Magdalena pertenecía a ese primer estamento social cuyos orígenes fueron, tanto en la región del Río de la Plata como en las de Cuyo y del Tucumán, los méritos y servicios derivados de la conquista y población de las ciudades.
Magdalena de Goyechea descendía, por parte de su bisabuela paterna, doña Mariana de Argañaraz y Murguía,
del gran conquistador del Tucumán Hernán Mejía Miraval, quien, entre otras audacias, a mediados del
siglo XVI había viajado a La Serena, Chile, cruzando a pie la Cordillera nevada desde la recién fundada Santiago
del Estero, en busca de un sacerdote; y desde allí había introducido en la gobernación el trigo, el algodón
y las frutas de Castilla vid, olivo, duraznos, manzanas, melones.
Su hija, Bernardina Mejía, había donado su dote para fundar la ciudad de Jujuy junto con su marido,
Francisco de Argañaraz, y había participado activamente en el proceso fundacional mientras criaba a sus cinco
hijos. Sin embargo, antes de casarse con la española-criolla Isabel de Salazar, madre de Bernardina, Hernán Mejía convivió varios años con la india jurí María Mancho, con la cual tuvo tres hijas y un hijo mestizos (medio hermanos de Bernardina), que se unieron a algunos conquistadores, dando origen a importantes familias cordobesas como los Tejeda y de la Cámara.
Magdalena de Goyechea era una mujer de autoridad, propietaria de las estancias del Bordo y del Paraíso; de
una chacrilla al poniente de la Ciudad; un sitio al Oriente; un sitio en Jujuy; el ajuar y servicio de su casa,
según consta en su testamento.